법인세와 지방세의 관계, 정확히 알고 올바르게 신고하자

2월 17, 2026

법인세는 지방세가 아닙니다: 기본 개념부터 잡기

많은 사업자 분들, 특히 법인을 운영하시는 대표님들께서 혼동하시는 부분이 있습니다. "법인세를 납부할 때 지방세도 함께 납부하는데, 그럼 법인세가 지방세인가?"라는 질문입니다. 명확히 말씀드리면, 법인세는 국가세인 국세입니다. 그러나 법인세 계산 과정에서 파생되어 지방자치단체에 납부하는 '지방소득세'가 존재하기 때문에 이 둘이 함께 다뤄지며 혼란을 주는 경우가 많습니다. 이 블로그 글에서는 법인세와 지방세의 관계를 명확히 짚어보고, 신고 시 반드시 함께 챙겨야 할 사항들을 상세히 알아보겠습니다.

국세와 지방세, 그 차이를 이해하는 것이 첫걸음

우리나라의 세금 체계는 크게 국가의 재정을 위해 부과되는 국세와 지방자치단체의 재정을 위해 부과되는 지방세로 나뉩니다. 법인세는 대표적인 국세에 속하며, 국세청을 통해 신고·납부합니다. 반면, 지방세는 다시 '도세'와 '시·군세'로 구분되며, 해당 지방자치단체(특별시, 광역시, 도, 시, 군)에 납부합니다.

문제는 법인의 소득에 관련된 세금이 이 두 체계에 모두 걸쳐 있다는 점입니다. 법인이 벌어들인 소득(과세표준)에 대해 먼저 국세인 법인세를 계산하여 납부합니다. 동일한 과세표준을 기초로 하여, 여기에 다시 지방세인 지방소득세를 추가로 계산하여 법인 소재지의 지방자치단체에 납부해야 합니다. 따라서 법인세 신고를 했다고 해서 모든 소득 관련 세무가 끝나는 것이 절대 아니며, 반드시 파생된 지방소득세까지 신고해야 합니다.

법인세 신고 시 함께 따라오는 지방세는 무엇이 있을까?

법인과 관련된 주요 지방세는 다양합니다. 법인세 계산과 직접적으로 연관된 세목 외에도 법인이 보유한 자산이나 특정 행위에 대해 부과되는 지방세들이 있습니다. 다음 표를 통해 법인과 밀접한 지방세의 종류와 개요를 확인해 보세요.

세목	구분	부과 대상 (예시)	비고
지방소득세	보통세	법인세 부과표준(과세표준)을 기초로 계산	법인세와 가장 직접적으로 연관. 법인세 신고 후 필수
취득세	보통세	부동산, 차량, 기계장비, 입목, 광업권, 항공기, 선박 취득 시	자산 취득 시 1회 납부
등록면허세	보통세	부동산, 차량, 회사, 선박 등 권리 설정·이전 등록 시	등록 행위 시 부과
재산세	보통세	보유한 토지, 건물, 주택, 선박, 항공기 등	매년 보유 시 부과 (분기별 고지)
지방교육세	목적세	취득세, 등록면허세, 레저세, 담배소비세 납부액을 과세표준으로 함	다른 지방세와 함께 부과되는 경우多
사업소세	보통세	도시지역 내 일정 규모 이상의 사업장 시설과 종사자	해당 지방자치단체 조례에 따름

실무에서 주의할 점: 신고부터 감면까지

제공된 자료에서도 강조되었듯이, 법인세 신고 시 지방세를 함께 챙기는 것은 필수입니다. 특히 수정신고나 각종 감면 혜택 적용 시 더욱 주의가 필요합니다.

수정신고는 쌍끌이로: 자료에 언급된 '[수정신고] 전전기 부가세, 법인세 수정신고' 사례처럼, 법인세를 수정신고하게 되면 그에 따른 지방소득세도 자동으로 재계산되어 수정 신고 및 추가 납부 또는 환급 절차가 필요합니다. 위택스(국세청)에서 법인세 수정신고를 완료했다면, 별도로 지방세 포털 또는 해당 지방자치단체에서 지방소득세 수정신고를 해야 합니다.
감면 혜택은 조건을 확인하라: '농업회사법인 세금감면' 자료에서 보듯, 법인세 감면 혜택을 받으려면 농업경영체 등록 확인서 첨부와 같은 특정 요건을 충족해야 합니다. 중요한 것은, 법인세법상의 감면과 지방세법상의 감면은 별개일 수 있다는 점입니다. '적격합병 요건 총정리' 자료는 이를 잘 보여줍니다. 법인세법의 적격합병 요건을 충족해 법인세 감면을 받더라도, 지방세 특례(감면)를 추가로 받기 위해서는 별도의 요건(예: 기술혁신형사업법인 요건 충족)을 더 충족시켜야 할 수 있습니다.
증명서 발급은 필수: '법인 지방세 세목별...' 자료에서 언급된 '지방세 세목별과세증명서'는 입찰, 공모, 대출 등 다양한 경영 활동에서 제출을 요구받는 중요한 서류입니다. 이제는 인터넷(지방세포털)으로도 쉽게 발급 가능하므로, 미리 알아두고 준비하는 것이 좋습니다.

법인세와 지방세, 올바른 신고 체크리스트

매년 법인세 신고 시기(결산일로부터 3개월 이내)와 중간예납 시기, 그리고 수정신고 시 아래 사항을 꼭 확인하시기 바랍니다.

1단계: 법인세 계산 및 신고 (국세청 위택스)
- 법인세 과세표준을 정확히 계산합니다.
- 적용 가능한 모든 세액감면·공제 혜택을 검토합니다.
- 위택스를 통해 법인세 신고(또는 수정신고)를 완료합니다.
2단계: 지방소득세 계산 및 신고 (지방세포털 또는 지자체)
- 완료된 법인세 신고내역(과세표준)을 확인합니다.
- 해당 과세표준에 지방소득세율(법인세의 10%)을 적용해 세액을 계산합니다. (단, 지방세법에 별도 감면 규정이 있는지 확인)
- 법인 소재지 관할 지방자치단체의 지방세포털에서 지방소득세를 신고·납부합니다.
3단계: 기타 지방세 관리
- 보유한 부동산에 대한 재산세, 취득한 자산에 대한 취득세·등록면허세 등이 별도로 고지되는지 확인합니다.
- 필요 시 '지방세 세목별과세증명서'를 발급받아 비치합니다.

결론적으로, 법인세는 국세이지만, 그 신고와 계산은 지방세(특히 지방소득세)와 떼려야 뗄 수 없는 관계입니다. "법인세만 납부하면 끝?"이라는 자료의 제목이 시사하듯, 이는 매우 위험한 생각입니다. 체계적인 세무 관리는 법인세와 이를 기초로 한 지방세를 통합적으로 관리하고, 각종 감면 요건을 놓치지 않으며, 시의적절하게 신고·납부하는 데서 시작됩니다. 복잡하다고 느껴진다면, 조금이라도 의문점이 있다면 세무 전문가의 조력을 받는 것이 장기적으로 가장 현명하고 경제적인 선택일 수 있습니다.

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